Le nuove varianti Covid nascono nei pazienti cronici. Science, cosa accadrà dopo Omicron

Nella breve storia della pandemia di COVID-19, il 2021 è stato l'anno delle nuove varianti. Alpha, Beta, Gamma e Delta hanno avuto ciascuno un paio di mesi di notorietà.  Ma questo è stato l'anno di Omicron, che ha spazzato il mondo alla fine del 2021 e ha continuato a dominare, con sottovarianti, a cui sono stati dati nomi più prosaici come BA.1, BA.2 e BA.2.12.1, che appaiono in rapida successione. Due sottovarianti strettamente correlati denominate BA.4 e BA.5 stanno ora guidando infezioni in tutto il mondo, ma nuovi candidati, tra cui uno denominato BA.2.75, stanno avanzando.

Il dominio duraturo di Omicron ha portato i biologi evoluzionisti a chiedersi cosa verrà dopo.

 Alcuni pensano che sia un segno che la frenesia iniziale dell'evoluzione di SARS-CoV-2 è finita e, come altri coronavirus che sono stati con l'umanità molto più a lungo, si sta stabilizzando in uno schema di evoluzione graduale. "Penso che una buona ipotesi sia che BA.2 o BA.5 genereranno discendenti aggiuntivi con più mutazioni e che una o più di queste sottovarianti si diffonderanno e saranno la prossima cosa", afferma Jesse Bloom, biologo evoluzionista presso il Centro di ricerca sul cancro Fred Hutchinson.

Ma altri credono che una nuova variante abbastanza diversa da Omicron e da tutte le altre varianti da meritare la prossima designazione di lettera greca, Pi, potrebbe già svilupparsi, forse in un paziente cronicamente infetto. E anche se Omicron non viene sostituito, il suo dominio non è motivo di compiacimento, afferma Maria Van Kerkhove, responsabile tecnico per COVID-19 presso l'Organizzazione mondiale della sanità. "È già abbastanza devastante così com'è", dice. "Se non riusciamo a convincere le persone ad agire ciò sarà un problema".

Anche con Omicron, sottolinea Van Kerkhove, il mondo potrebbe dover affrontare continue ondate di malattie man mano che l'immunità diminuisce e sorgono nuove sottovarianti. È anche allarmata dal fatto che gli sforzi di sorveglianza che hanno consentito ai ricercatori di individuare precocemente Omicron e altre nuove varianti stiano diminuendo o rallentando. "Quei sistemi vengono smantellati, vengono definanziati, le persone vengono licenziate", dice.

Le varianti che hanno governato nel 2021 non sono scaturite l'una dall'altra. Invece, si sono evoluti in parallelo dai virus SARS-CoV-2 che circolavano all'inizio della pandemia. Negli alberi genealogici virali i ricercatori disegnano per visualizzare le relazioni evolutive dei virus SARS-CoV-2, queste varianti sono apparse sulla punta di rami lunghi e spogli. Il modello sembra riflettere il virus in agguato in una singola persona per molto tempo e in evoluzione prima che emerga e si diffonda di nuovo, molto cambiato. Sempre più studi sembrano confermare che ciò si verifica in persone immunocompromesse che non possono eliminare il virus e hanno infezioni di lunga durata. Il 2 luglio, ad esempio, l'epidemiologo genomico della Yale University Nathan Grubaugh e il suo team hanno pubblicato un preprint su medRxiv su uno di questi pazienti che hanno trovato accidentalmente. Nell'estate del 2021, il loro programma di sorveglianza presso lo Yale New Haven Hospital ha continuato a trovare una variante di SARS-CoV-2 chiamata B.1.517 anche se si supponeva che quel lignaggio fosse scomparso dalla comunità molto tempo fa. Si è scoperto che tutti i campioni provenivano dalla stessa persona, un paziente immunocompromesso sulla sessantina sottoposto a trattamento per un linfoma a cellule B. È stato infettato da B.1.517 nel novembre 2020 ed è ancora positivo oggi.

Seguendo la sua infezione per osservare come il virus è cambiato nel tempo, il team ha scoperto che si è evoluto a una velocità doppia rispetto a quella normale di SARS-CoV-2. (Alcuni dei virus che circolano nel paziente oggi potrebbero essere qualificati come nuove varianti se fossero stati trovati nella comunità, dice Grubaugh.) Ciò supporta l'ipotesi che le infezioni croniche potrebbero guidare la "emergenza imprevedibile" di nuove varianti, scrivono i ricercatori.

Anche altri virus che infettano cronicamente i pazienti cambiano più velocemente all'interno di un ospite rispetto a quando si diffondono da una persona all'altra, afferma Aris Katzourakis, biologo evoluzionista dell'Università di Oxford. Questo è in parte un gioco di numeri: ci sono milioni di virus che si replicano in un individuo, ma solo una manciata viene trasmessa durante la trasmissione. Quindi molta evoluzione potenziale si perde in una catena di infezioni, mentre un'infezione cronica offre infinite opportunità di evoluzione.

Ma da quando Omicron è emerso nel novembre 2021, non sono apparse nuove varianti dal nulla. Invece, Omicron ha accumulato piccoli cambiamenti, rendendolo più efficace nell'evadere le risposte immunitarie e, insieme al declino dell'immunità, portando a ondate successive. "Penso che sia probabilmente sempre più difficile che queste nuove cose emergano e prendano il sopravvento perché tutti i diversi lignaggi Omicron sono una forte concorrenza", dice Grubaugh, dato quanto sono già trasmissibili e immunizzanti.

In tal caso, la decisione degli Stati Uniti di aggiornare i vaccini COVID-19 aggiungendo un componente Omicron è la mossa giusta, afferma Bloom; anche se Omicron continua a cambiare, è probabile che un vaccino basato su di esso fornisca una protezione maggiore rispetto a uno basato su varianti precedenti.

Ma è ancora possibile che emerga una variante completamente nuova non correlata a Omicron. Oppure una delle varianti precedenti, come Alpha o Delta, potrebbe tornare dopo aver causato un'infezione cronica e aver attraversato un periodo di evoluzione accelerata, afferma Tom Peacock, virologo dell'Imperial College London: "Questo è ciò che chiameremmo secondo varianti di generazione”. Date queste possibilità, "Lo studio delle infezioni croniche è ora più importante che mai", afferma Ravindra Gupta, microbiologo dell'Università di Cambridge. "Potrebbero dirci il tipo di direzione mutazionale che il virus prenderà nella popolazione".

BA.2.75, che è stato ripreso di recente, ha già interessato alcuni scienziati. Soprannominato Centaurus, si è evoluto da Omicron ma sembra aver accumulato rapidamente tutta una serie di importanti cambiamenti nel suo genoma, più simile a una variante completamente nuova che a una nuova sottovariante di Omicron. "Sembra esattamente come Alpha, o Gamma o Beta", dice Peacock.

BA.2.75 sembra diffondersi in India, dove è stato identificato per la prima volta, ed è stato trovato in molti altri paesi. Non è chiaro se stia davvero superando altre sottovarianti, Van Kerkhove afferma: "I dati sono superlimitati in questo momento". "Penso sicuramente che valga la pena tenere d'occhio", afferma Emma Hodcroft, virologa dell'Università di Berna.

Tenere d'occhio qualsiasi cosa sta diventando sempre più difficile, perché la sorveglianza sta diminuendo. La Svizzera, ad esempio, ora sequenzia circa 500 campioni a settimana, in calo rispetto ai 2000 al suo picco, dice Hodcroft; gli Stati Uniti sono passati da più di 60.000 a settimana a gennaio a circa 10.000. "Alcuni governi sono ansiosi di ridurre i soldi che hanno dedicato al sequenziamento", afferma Hodcroft. Difendere la spesa è una "vendita difficile", dice, "soprattutto se c'è la sensazione che i paesi intorno a te continueranno a sequenziare anche se ti fermi".

Anche se una variante emerge in un luogo con una buona sorveglianza, potrebbe essere più difficile che in passato prevedere quanto sia grande una minaccia, perché le differenze tra le passate ondate di COVID-19, i vaccini e i programmi di immunizzazione hanno creato una scacchiera globale di immunità . Ciò significa che una nuova variante potrebbe andare bene in un posto ma incappare in un muro di immunità altrove. "La situazione è diventata ancora meno prevedibile", afferma Katzourakis.

Dato che Omicron sembra essere più lieve rispetto alle varianti precedenti, gli sforzi di sorveglianza dovrebbero mirare a identificare le varianti che causano malattie gravi nei pazienti ospedalizzati, afferma Gupta. "Penso che sia lì che dovremmo concentrare i nostri sforzi, perché se continuiamo a concentrarci su nuove varianti dal punto di vista genomico, potremmo stancarci un po' e poi perdere la palla quando le cose accadono".

Molti virologi riconoscono che l'evoluzione di SARS-CoV-2 li ha colti di sorpresa ancora e ancora. "È stato davvero in parte un fallimento", dice Grubaugh. Ma qualunque sia lo scenario che i ricercatori possono immaginare, Bloom riconosce che il virus seguirà il proprio corso: "Penso che alla fine dobbiamo solo aspettare e vedere cosa succede".

fonte: Science