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Covid, dal tampone positivo all'analisi dettagliata del genoma: così s'identifica il virus

Infettivologia Redazione DottNet | 15/04/2022 19:18

Microbiologia dell'ospedale di Perugia sequenzia il virus

Tre-quattro giorni di lavoro per arrivare dal tampone positivo al Sars-CoV-2 all'analisi dettagliata del genoma, il sequenziamento che permette di individuare se si tratti del virus che provoca il Covid già conosciuto o di qualche variante, nota o completamente nuova. Una complessa attività che ora svolge in autonomia anche l'Azienda ospedaliera di Perugia grazie a un gruppo di lavoro attivo nel laboratorio di Microbiologia. Grazie anche a un sofisticato apparecchio sequenziatore presente al Centro di ricerca emato-oncologico.  "Il primo passo è la selezione dei tamponi positivi che meritano di essere sequenziati, ad esempio perché legati a un caso clinico molto grave" ha spiegato Antonella Mencacci, responsabile del laboratorio di Microbiologia e docente dell'Università degli Studi di Perugia.

"Dobbiamo quindi estrarre l'Rna - ha aggiunto - il genoma del virus, che però non può essere sequenziato. Bisogna passare quindi al Dna complementare, con un processo di retrotrascrizione, che va amplificato".  "Il genoma del Sars-CoV-2 - ha spiegato Roberta Spaccapelo, associato di Microbiologia all'Università degli Studi di Perugia e che guida il gruppo di lavoro impegnato nel sequenziamento - non è grandissimo ed è formato da circa 30 mila paia di basi che però non possono essere sequenziate direttamente.
Abbiamo quindi la necessità di amplificarlo in tanti piccoli frammenti, 98, per migliaia di volte. Prepariamo 'la libreria' e sequenziamo tutti i 98 frammenti. Il risultato viene automaticamente caricato su una piattaforma online nella quale un software permette di riallineare tutti i frammenti, di ricreare la sequenza completa del genoma. Possiamo quindi ricercare eventuali mutazioni".  Mencacci e Spaccapelo hanno sottolineato il supporto dato al laboratorio dalla Regione, dall'Azienda ospedaliera e dall'Università di Perugia.  La direttrice della Microbiologia ha evidenziato anche come il sequenziamento permetta di tenere sotto controllo la situazione del virus sul territorio. "Vengono selezionati - ha detto - i casi clinici più gravi, le reinfezioni a breve, quelle che si verificano quando in seguito alla terza dose di vaccino ci si aspetterebbe il massimo dell'immunità o in presenza di cluster".

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